1871年馬偕從加拿大一路經過了中國廣州、汕頭等地，之後又隨同其他牧師和醫生們來到了遙遠的台灣滬尾，就是現今的淡水鎮，當時的加拿大是個逐漸開放的國家，不但生活較富裕且擁有較民主的政治，懷著宣教的熱情的馬偕還是不顧一切的來到台灣。如果是現在，宣教士來台灣傳教一點也不稀奇，因為目前的台灣，是個現代化且對於外來文化接受度很高的國家，但當初馬偕來到台灣時，台灣是一個閉鎖且尚未開發的國家，有很多地區的路是崎嶇不平的道路，馬偕一行人當初在傳教時都得靠自己的雙腳翻山越嶺，無論是平地的漢人或是住在深山的原住民，都已經擁有根深蒂固的文化，加上種族間的隔閡和語言的不通，要向仇視外國人和基督教的台灣人宣教，是件極困難的事情，尤其是當時的原住民都有砍殺人頭的習俗，向原住民傳教時，自己生命隨時都會有危險，馬偕剛開始對原住民宣教時都會先配合原住民的文化，之後再以唱聖歌和勸說的方式來感化他們，當時的漢人較深信自己的宗教和文化尤其是祭拜祖先這件事，所以漢人極力反對馬偕宣教和蓋教堂。
馬偕剛到台灣時，為了融入台灣的社會，每天花四至五小時和溪邊的牧童們一同玩耍，起初牧童們看到馬偕時，因為沒看過外國人會害怕的大喊著：「外國鬼子來了」然後飛也似的跑掉，後來時間久了，孩子們竟和馬偕成為好朋友，台語和原住民語都沒有字母，都是一些複雜的拼音所組成的，當時也沒有可以學習語言的補習班，馬階就從他們的互動中學習閩南語，只是想用台灣人熟悉的閩南語與大家交談，馬偕更運用閩南語創立了長老教會，這種迫切想融入當地社會文化的精神，真的很令人感動。為了更了解台灣，馬偕同時也研究了許多關於台灣的人種學、物種學和植物學並逐項做記錄，也因為讀了福爾摩沙記事這本書，讓我更加了解台灣的原生物和這片土地。

馬偕也學習該如何與漢人或原住民相處，當時台灣社會的女生，都是在家料理家務事，沒有機會接受教育，為了能照顧婦女同胞們，馬偕還在台灣娶了一位名字為張聰明的台灣的女子，馬偕為台灣的貢獻不僅只是傳教還是醫療和教育方面等貢獻，馬偕不但設立了第一所西醫院（今日馬偕紀念醫院），還設立了西式學校（今日淡江中學和真理大學），讓台灣的人民有更多機會接觸西方的文明。

雖然馬偕來到台灣是以傳教為出發點，但馬偕也設立了學校和醫院，馬偕對台灣人的付出和愛台灣這片土地的心，絕對不少於住在台灣這塊土地上的我們。馬偕因病去世後，更將自己葬在台灣，馬偕對台灣這片土地滿腔的愛、熱情和貢獻，以及一顆包容和關愛台灣人的心胸，讓我們後人永遠緬懷他。